潛伏期長短與進入毒素量有關，可短至數小時，也可長達十余天，潛伏期愈短，病情愈重。但潛伏期長者也可呈重型，或者輕型起病，后發展成重型。臨床表現輕重不一，輕者僅輕微不適，無需治療，重者可于24h內致死。起病急驟，以中樞神經系統癥狀為主，早期有惡心、嘔吐等癥狀，一般B型和E型比A型常見，繼之出現頭昏、頭痛、全身乏力、視力模糊、復視。當膽堿能神經的傳遞作用受損，可見便秘、尿潴留及唾液和淚液分泌減少。體檢發現：精神緊張、上眼瞼下垂、眼外肌運動無力、眼球調節功能減退或消失。有些患者瞳孔兩側不等大、光反應遲鈍。重癥者腭、舌、咽、呼吸肌呈對稱性弛緩性輕癱，出現咀嚼困難、吞咽困難、語言困難、呼吸困難等腦神經損害。四肢肌肉弛緩性輕癱表現為深腱反射可減弱和消失。但不出現病理反射，肢體癱瘓則較少見，感覺正常，意識清楚。無繼發感染者體溫正常。肉毒中毒一旦出現癥狀，病情進展迅速，變化明顯，重癥可有呼吸衰竭、心力衰竭，或繼發肺部感染，若搶救不及時可于2～3天而死亡。經過穩定期后，逐漸進入恢復期，大多于6～10天內恢復，長者達1個月以上。一般呼吸、吞咽及語言困難先行緩解，隨后癱瘓肢體的肌肉漸復原，視覺恢復較慢，有時需數月之久。嬰兒肉毒中毒：年齡為4～26周，大多為混合喂養，也有單純母乳喂養，初發癥狀為便秘、不吃奶、全身弛軟、哭聲低沉、頸軟不能抬頭，繼而出現腦神經麻痹。病情進展迅猛，可因呼吸麻痹死亡。也有疴隋較輕者，僅有腹脹，或難以覺察的便秘、乏力。故應警惕漏診或誤診。創傷性肉毒中毒：由傷口感染到出現中毒癥狀的潛伏期約10～14天，表現與食物中毒型相同，但無惡心、嘔吐等胃腸道癥狀。可以有發熱、毒血癥表現。

根據特殊飲食史及同餐者發病情況，結合臨床表現咽干、便秘、視力模糊和中樞神經系統損害等癥狀和體征，一般不難作出診斷，檢出細菌僅能作為輔助依據，其目的在于通過培養檢出毒素而獲確診。嬰兒肉毒中毒的確診主要依據檢測患兒糞便中肉毒梭菌或肉毒梭菌毒素，因血中毒素可能已被結合而不易檢出。創傷性肉毒中毒，主要檢測傷口肉毒梭菌或血清中毒素。