惡心嘔吐：大多數化療藥都有惡心嘔吐等副作用，但程度不同。順鉑（DDP）、氮芥（HN2）、阿霉素（ADM）、表阿霉素（EPI）相對較重，而絲裂霉素（MMC）、博來霉素（BLM）、紫杉醇（PTX）、泰索帝（TXT）則較少出現惡心嘔吐。

 骨髓抑制：大多數化療藥都有，其中紫杉醇（PTX）、泰索帝（TXT）、諾維本（NVB）、依托泊甙（VP-16）、卡鉑（CBP）、異環磷酰胺（IFO）、甲氨喋呤（MTX）、阿霉素（ADM）較為明顯。一般先出現白細胞中的中性粒細胞減少，其次出現血小板減少。絲裂霉素、健擇可以先出現血小板減少。

 腹瀉：草酸鉑（L-OHP）、開普拓（CPT-11）、5－FU、羥基喜樹堿、希羅達有可能出現腹瀉。

 便秘：諾維本（NVB）、長春新堿（VCR）、長春地辛（VDS）、以及中樞性鎮吐藥都可以導致便秘。

 心臟毒性：阿霉素（ADM）、表阿霉素（EPI）、吡喃阿霉素（THP）、紫杉醇（PTX）有心臟毒性，臨床可以表現為胸悶、無力、心律不齊等。

 脫發：幾乎所有化療藥都可以導致脫發，但輕重不同，輕的僅少量脫發，重的可全部脫落。阿霉素、表阿霉素、吡喃阿霉素、紫杉醇幾乎100％導致全脫。

 色素沉著：5－FU、博來霉素、平陽霉素可以導致色素在皮膚、指甲沉積，出現皮膚變黑或指甲變黑。

 神經毒性：草酸鉑、諾維本、紫杉醇、泰索帝、長春堿類、依托泊甙（VP-16）都可以產生周圍神經毒性，患者感覺手或腳發麻、四肢肌肉酸痛，也有人出現唇、舌發麻，極少數人可以出現喉頭發緊、呼吸困難。

 肝腎功能損害：幾乎所有的化療藥都需經過肝臟代謝，腎臟排泄，所以都有可能損害肝腎功能。

 還會發生一些少見的毒副反應如過敏、皮疹、中樞神經毒性等。