許多藥物可以由孕婦的血液經胎盤進入胎兒體內，直接對胎兒產生毒性作用，特別是在妊娠的頭3個月，因受精卵正處于分化階段，各系統還沒有形成，正處于發育階段，胚胎細胞受到化學藥物的作用，就可能誘發遺傳物質突變，導致胎兒畸形。

 
　　例如四環素類藥，尤其是四環素能抑制胎兒骨質合成，在妊娠早期使用四環素可致胎兒四肢畸形，先天性白內障，妊娠4個月以后使用可致胎兒骨骼和牙齒發育障礙；卡那霉素、慶大霉素、鏈霉素可使胎兒聽神經受到損傷，造成先天性耳聾；解熱鎮痛藥阿司匹林、氨基比林等可造成胎兒中樞神經系統和腎臟畸形；大劑量皮質激素（強的松）可制胎兒多發性畸形，如唇裂和腭裂。性激素可致胎兒內分泌改變，如丙酸睪妨素可使女性胎兒外生殖器男性化；鎮靜藥（冬眠靈、奮乃靜等），抗過敏藥（撲爾敏、苯海拉明等），利尿藥（雙氫克尿塞等），滴鼻凈的長期應用，都可致胎兒神經系統發育障礙，并有其它潛在性致畸作用。此外，中藥如破氣行血，大寒大熱，滑利沉降的藥對母體和胎兒都可產生不良影響。應慎重使用。